园艺植物基因组与分子改良学科组
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园艺植物基因组与分子改良学科组成立于2020年。课题组以番茄、猕猴桃等重要园艺作物为主要研究对象，基于基因组学前沿技术，着重阐释园艺作物进化、驯化过程中基因组多样性动态变化规律，解析关键农艺性状形成的分子机理，致力于园艺植物资源的高效开发利用，服务果蔬的分子改良和新品种创制。
研究组长
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姓 名 | 高磊 | 学 历 | 博士 |
| 职 称 | 研究员 | 职 务 | 博士生导师, PI | |
| 通讯地址 | 武汉市东湖新技术开发区九峰一路201号 | |||
| 邮政编码 | 430074 | 电子邮箱 | leigao@wbgcas.cn | |
| 姓 名： | 高磊 |
|---|---|
| 学 历： | 博士 |
| 职 称： | 研究员 |
| 职 务： | 博士生导师,PI |
| 通讯地址： | 武汉市东湖新技术开发区九峰一路201号 |
| 邮政编码： | 430074 |
| 电子邮箱： | leigao@wbgcas.cn |
简要履历
| 别于2003年和2006年获南京林业大学学士和硕士学位，2010年获得中国科学院研究生院博士学位，同年在武汉植物园参加工作，任助理研究员。2017-2020年于美国康奈尔大学Boyce Thompson Institute做博士后研究，2020年8月回到武汉植物园，组建学科组，任研究员。主要从事番茄等园艺植物基因组学研究，构建了第一个番茄泛基因组，发表了醋栗番茄、花椰菜、卷心菜等的高质量参考基因组，阐明了基因组结构变异在作物驯化和重要农艺性状形成中的重要作用。近年来，在Nature Genetics、Nature Communications、Plant Biotechnology Journal、BMC Biology等期刊发表论文十余篇。 |
获奖及荣誉
| 2014年 | 湖北省第十五届自然科学优秀学术论文一等奖 |
| 2015年 | “JSE Outstanding Papers”of Journal of Systematics and Evolution |
研究组科研项目
- 国家自然科学基金面上项目：番茄野生资源泛基因组及抗病基因的研究，2022-2025
- 中国科学院高层次人才项目：园艺植物基因组分析与重要农艺性状形成机制，2020-2025
研究组代表成果
代表性论文：
- Gao L, Gonda I, Sun H, Ma Q, Bao K, Tieman DM, Burzynski-Chang EA, Fish TL, Stromberg KA, Sacks GL, Thannhauser TW, Foolad MR, Diez MJ, Blanca J, Canizares J, Xu Y, van der Knaap E, Huang S, Klee HJ, Giovannoni JJ, Fei Z. 2019. The tomato pan-genome uncovers new genes and a rare allele regulating fruit flavor. Nature Genetics, 51: 1044-1051.
- Yu X, Qu M, Shi Y, Hao C, Guo S, Fei Z, Gao L. 2022. Chromosome-scale genome assemblies of wild tomato relatives Solanum habrochaites and Solanum galapagense reveal structural variants associated with stress tolerance and terpene biosynthesis. Horticulture Research: uhac139.
- Wang X, Gao L, Jiao C, Stravoravdis S, Hosmani PS, Saha S, Zhang J, Mainiero S, Strickler SR, Catala C, Martin GB, Mueller LA, Vrebalov J, Giovannoni JJ, Wu S, Fei Z. 2020. Genome of Solanum pimpinellifolium provides insights into structural variants during tomato breeding. Nature Communications, 11: 5817.
- Zhou H, Ma R, Gao L, Zhang J, Zhang A, Zhang X, Ren F, Zhang W, Liao L, Yang Q, Xu S, Otieno Ogutu C, Zhao J, Yu M, Jiang Q, Korban SS, Han Y. 2021. A 1.7-Mb chromosomal inversion downstream of a PpOFP1 gene is responsible for flat fruit shape in peach. Plant Biotechnology Journal, 19: 192-205.
- Guo N, Wang S, Gao L, Liu Y, Wang X, Lai E, Duan M, Wang G, Li J, Yang M, Zong M, Han S, Pei Y, Borm T, Sun H, Miao L, Liu D, Yu F, Zhang W, Ji H, Zhu C, Xu Y, Bonnema G, Li J, Fei Z, Liu F. 2021. Genome sequencing sheds light on the contribution of structural variants to Brassica oleracea diversification. BMC Biology, 19: 93.
- Guo S, Zhao S, Sun H, Wang X, Wu S, Lin T, Ren Y, Gao L, Deng Y, Zhang J, Lu X, Zhang H, Shang J, Gong G, Wen C, He N, Tian S, Li M, Liu J, Wang Y, Zhu Y, Jarret R, Levi A, Zhang X, Huang S, Fei Z, Liu W, Xu Y. 2019. Resequencing of 414 cultivated and wild watermelon accessions identifies selection for fruit quality traits. Nature Genetics, 51: 1616-1623.
- Wu S, Wang X, Reddy U, Sun H, Bao K, Gao L, Mao L, Patel T, Ortiz C, Abburi VL, Nimmakayala P, Branham S, Wechter P, Massey L, Ling KS, Kousik C, Hammar SA, Tadmor Y, Portnoy V, Gur A, Katzir N, Guner N, Davis A, Hernandez AG, Wright CL, McGregor C, Jarret R, Zhang X, Xu Y, Wehner TC, Grumet R, Levi A, Fei Z. 2019. Genome of 'Charleston Gray', the principal American watermelon cultivar, and genetic characterization of 1,365 accessions in the U.S. National Plant Germplasm System watermelon collection. Plant Biotechnology Journal, 17: 2246-2258.
- Wang P, Yang L, Zhang E, Qin Z, Wang H, Liao Y, Wang X, Gao L. 2017. Characterization and development of EST-SSR markers from a cold-stressed transcriptome of centipedegrass by Illumina paired-end sequencing. Plant Molecular Biology Reporter, 35: 215-223.
- Li J, Gao L, Chen S, Tao K, Su Y, Wang T. 2016. Evolution of short inverted repeat in cupressophytes, transfer of accD to nucleus in Sciadopitys verticillata and phylogenetic position of Sciadopityaceae. Scientific Reports, 6: 20934.
- Gao L, Wang B, Wang Z-W, Zhou Y, Su Y-J, Wang T. 2013. Plastome sequences of Lygodium japonicum and Marsilea crenata reveal the genome organization transformation from basal ferns to core leptosporangiates. Genome Biology and Evolution, 5: 1403-1407.
- Wang Z, Wang C, Gao L, Mei S, Zhou Y, Xiang C, Wang T. 2013. Heterozygous alleles restore male fertility to cytoplasmic male-sterile radish (Raphanus sativus L.): a case of overdominance. Journal of Experimental Botany, 64: 2041-2048.
- Yi X, Gao L, Wang B, Su Y-J, Wang T. 2013. The complete chloroplast genome sequence of Cephalotaxus oliveri (Cephalotaxaceae): evolutionary comparison of Cephalotaxus chloroplast DNAs and insights into the loss of inverted repeat copies in gymnosperms. Genome Biology and Evolution, 5: 688-698.
- Gao L, Zhou Y, Wang Z-W, Su Y-J, Wang T. 2011. Evolution of the rpoB-psbZ region in fern plastid genomes: notable structural rearrangements and highly variable intergenic spacers. BMC Plant Biology, 11: 64.
- Gao L, Su Y-J, Wang T. 2010. Plastid genome sequencing, comparative genomics, and phylogenomics: current status and prospects. Journal of Systematics and Evolution, 48: 77-93.
- Gao L, Yi X, Yang Y-X, Su Y-J, Wang T. 2009. Complete chloroplast genome sequence of a tree fern Alsophila spinulosa: insights into evolutionary changes in fern chloroplast genomes. BMC Evolutionary Biology, 9: 130.
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姓 名 | 李珊 | 学 历 | 博士 |
| 职 称 | 研究员 | 职 务 | 硕士生导师 | |
| 通讯地址 | 武汉市东湖新技术开发区九峰一路201号 | |||
| 邮政编码 | 430074 | 电子邮箱 | lishan@wbgcas.cn | |
| 姓 名： | 李珊 |
|---|---|
| 学 历： | 博士 |
| 职 称： | 研究员 |
| 职 务： | 硕士生导师 |
| 通讯地址： | 武汉市东湖新技术开发区九峰一路201号 |
| 邮政编码： | 430074 |
| 电子邮箱： | lishan@wbgcas.cn |
简要履历
2017年毕业于中国农业大学，获博士学位。2017-2019年在浙江大学进行博士后研究，2019-2021年在浙江大学任特聘副研究员。2021年12月进入中国科学院武汉植物园工作，主要从事番茄成熟和抗病基因挖掘和功能鉴定。以第一作者和通讯作者在New Phytologist、Plant Physiology、BMC Genomics、Food Quality and Safety和Cells期刊发表文章6篇，并参与发表SCI多篇。主持国家自然科学基金青年项目、浙江省自然科学基金、中国博士后科学基金、浙江大学青年科研创新专项等项目，并参与国家重点研发计划和国家自然科学基金面上项目等多项科研项目。
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姓 名 | 於晓芬 | 学 历 | 博士 |
| 职 称 | 职 务 | 特别研究助理 | ||
| 通讯地址 | 武汉市东湖新技术开发区九峰一路201号 | |||
| 邮政编码 | 430074 | 电子邮箱 | yuxiaofen@wbgcas.cn | |
| 姓 名： | 於晓芬 |
|---|---|
| 学 历： | 博士 |
| 职 称： | |
| 职 务： | 特别研究助理 |
| 通讯地址： | 武汉市东湖新技术开发区九峰一路201号 |
| 邮政编码： | 430074 |
| 电子邮箱： | yuxiaofen@wbgcas.cn |
简要履历
2020年毕业于华中科技大学，获博士学位。同年，加入华大智造科技有限公司，任生物技术研究员。2021年7月进入中国科学院武汉植物园工作，主要以番茄等重要蔬菜水果为研究对象，通过基因组学、转录组学等手段，解析果实品质、抗病性等关键农艺性状形成的分子途径和机理，致力于果蔬的分子改良和新品种创制。以第一作者在Plant Cell Reports、International Journal of Molecular Sciences、Frontiers in Plant Science等杂志发表SCI论文4篇。
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姓 名 | 吴攀 | 学 历 | 博士 |
| 职 称 | 职 务 | 特别研究助理 | ||
| 通讯地址 | 武汉市东湖新技术开发区九峰一路201号 | |||
| 邮政编码 | 430074 | 电子邮箱 | wupan@wbgcas.cn | |
| 姓 名： | 吴攀 |
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| 学 历： | 博士 |
| 职 称： | |
| 职 务： | 特别研究助理 |
| 通讯地址： | 武汉市东湖新技术开发区九峰一路201号 |
| 邮政编码： | 430074 |
| 电子邮箱： | wupan@wbgcas.cn |
简要履历
2019年毕业于中国科学院大学，获博士学位。2019-2021年在湖北大学生命科学学院从事博士后研究。2021年12月进入中国科学院武汉植物园工作。研究方向为植物脂质的合成和调控分子机制研究，目前主要从事番茄果实角质层生物合成和调控关键基因的发掘工作，并探讨这些关键基因对番茄果实色泽、硬度和货架期等采后品质的影响。近年来，在Plant Physiology and Biochemistry、International Journal of Molecular Sciences、BMC Plant Biology和The Plant Journal等杂志发表论文4篇。
