(1) 水生植物多样性与水生植被恢复：主要揭示水生植物时空格局及形成机制；环境胁迫机理和水生植物响应；植物的抗逆性及对环境适应机制；水生植被恢复与水域生态系统功能优化。

　　(2)流域生态过程与水资源保护：主要揭示生态系统组成、结构和生态过程的演变规律；流域内生态系统生源要素时空格局及其迁移转化规律；流域内水陆各子系统功能的耦合机制；流域生态过程对水环境的调控机理。

　　(3)流域生态安全与可持续发展：主要揭示植物资源利用与环境可持续性；流域景观要素的时空格局及形成机制；生物入侵机制及生态环境效应；流域内经济发展、资源利用与环境保护相互协调的可持续发展。

　　研究方向1:主要针对维系流域生态系统结构和功能稳定的水生植物资源进行突破，从个体、种群、群落和生态系统等多层次上，研究水生植物对环境变化的响应机制及其在流域生态系统中的环境效应；

　　研究方向2: 从流域尺度，研究流域内水域、水陆交错带、湿地和陆地各子系统内生源要素迁移规律及子系统间的耦合机制，阐明流域生态过程对水环境的调控机理；

　　研究方向3: 强调流域生态系统—社会—经济的相互关系，形成流域生态安全与可持续发展的战略对策。三个研究方向间有机关联，总体上服务于实验室以水资源保护为宗旨的退化生态系统的恢复和植物资源可持续利用的科技创新目标。