莲（Nelumbo nucifera Gaertn.）是我国重要的水生经济作物，在我国南北方均有分布，经过栽培驯化，形成了藕莲、花莲和籽莲三种不同的栽培类型。藕莲品种主要是具有旺盛的地下茎分蘖和膨大能力，成熟期形成大量莲藕；花莲品种主要以具有各种不同花色、花型的花朵为园林造景提供材料；籽莲品种则具有高开花率和结实率的特点，可以形成大量种子。莲子心（种子的胚）有清心火、强心降压功效；莲子（坚果）有补脾止泻、养心益肾功效。莲子既可以成熟后收获晒干做成各种莲子制品，也可以新鲜采收作为一种时令水果。因此开展莲子发育过程的研究，不仅可以从分子生物学层面阐述莲子发育过程中各类蛋白质和其他代谢物质的动态变化，而且还可以结合这些研究结果为莲子的适时采收提供理论依据。
水生植物基因组学与遗传育种学科组硕士研究生傅金磊在杨平仿研究员的指导下同维也纳大学博士生王蕾合作，综合利用蛋白质组学和代谢组学技术分析授粉后第10至25天的莲子中蛋白质和其他代谢物质的变化发现，在莲子该发育过程中存在明显的物质转换，莲子中可溶性糖含量在授粉后15天达到峰值，淀粉含量在授粉20天后开始显著累积，这表明授粉后15-20天是莲子鲜食的最佳时期。该研究工作获得中科院知识创新工程：Y455421Z02和国家留学基金委:201206220134资助，相关研究结果已在线发表在 Frontiers in Plant Science。
水生植物基因组学与遗传育种学科组博士研究生邓娇在杨平仿研究员指导下，利用我园莲数据库（http://lotus-db.wbgcas.cn.）中数据进行分析，发现莲基因组中有255个MYB基因，其中有116个属于R2R3MYB基因，并对这些基因进行结果和表达量分析。进一步分析这些基因在莲不同组织中的表达量，发现13个MYB基因可能参与莲类黄酮的合成代谢。这些研究结果为进一步揭示莲花色形成机理提供基础。该研究获得中科院知识创新工程：Y455421Z02资助，相关研究结果已在线发表在Plant Molecular Biology Reporter。
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莲子发育过程中的形态变化图
莲基因组中116个R2R3MYB基因与模式植物相应基因的系统进化分析
