| 研究中心 | 学科组 | 博硕导 | 硕导 |
| 植物多样性研究中心 | 植物多样性与进化 | 王青锋、严雪、刘帆 | 李荣俊 |
| 植物繁殖生态学 | 杨春锋 | 叶忠铭 | |
| 东非植物区系与分类 | 胡光万 | ||
| 植被生态学 | 江明喜、魏新增、乔秀娟 | 徐耀粘 | |
| 森林生态学 | 党海山 | ||
| 入侵生态学 | 黄伟 | 万金龙、张考萍 | |
| 系统与进化植物学 | 王恒昌、闫娟 | 孙延霞 | |
| 东亚植物演化、保护与创新利用 | 邱英雄 | 马雅真 | |
| 宏观生态学 | 陈思翀 | ||
| 植物演化与功能基因组学 | 万涛 | ||
| 被子植物早期演化 | 石涛 | ||
| 特色农业资源植物研究中心 | 猕猴桃种质资源与育种 | 钟彩虹、李大卫 | 李作洲、张琼、李黎、黄文俊 |
| 净果猕猴桃遗传育种 | 王彦昌 | ||
| 猕猴桃群体基因组学 | 姚小洪 | ||
| 果树分子育种 | 韩月彭 | 廖燎、郑蓓蓓、曹运鹏、张若西 | |
| 草坪草与牧草分子育种 | 陈良 | 张玲玲、谢燕、曹丽雯 | |
| 园艺植物基因组与分子改良 | 高磊 | 李珊 | |
| 植物生物信息学 | 张秀军 | 刘芳 | |
| 药用植物资源 | 张燕君 | 黄俊锋 | |
| 植物化学生物学 | 陈桂林 | ||
| 微藻生物技术 | 王中杰、丁奕、温小斌 | ||
| 园艺作物逆境生物学 | 辛海平 | ||
| 植物代谢组学 | 丁俊 | ||
| 药用植物药理学 | 李晶 | ||
| 果树品质与抗性生物学 | 安建平 | ||
| 流域生态研究中心 | 系统生态学 | 张全发、叶琛、谭香 | 王伟波、蒋浩、王德智、舒枭、蒋萌、龚宇 |
| 湿地生态学 | 刘贵华 | 马琳、吴君君、周雯 | |
| 全球变化生态学 | 刘峰 | 田秋香、姜庆虎、赵汝东、方竟 | |
| 生态景观工程 | 刘宏涛 | ||
| 农业环境生态 | 刘毅 | 李志国 | |
| 功能生态学 | 左娟 | ||
| 水域生态过程学 | 刘文治 | 丁帮璟 | |
| 元素循环与生态恢复 | 张克荣 | ||
| 水生植物研究中心 | 水生植物生物学 | 李伟、黄文敏 | |
| 水生植物生物地理学 | 陈进明 | ||
| 水生植物与水生态系统健康 | 邢伟 | 汪磊 | |
| 环境基因组学 | 杨玉义 | 万文结、苑文珂 | |
| 莲种质资源与遗传育种 | 杨美 | 邓显豹、杨东 |
