莲作为莲科莲属多年生草本水生植物,是我国重要的水生经济作物。自武汉植物园公布了“中国古代莲”基因组框架图谱以来,对于莲基因组信息的后续研究便大量开展。单核苷酸多态性(SNP)作为新的遗传标记对基因定位及相关育种研究的意义非常重大。选择性剪切(alternative splicing)作为一个基因编码出不同转录本和蛋白质的重要途径,对满足生物体所需蛋白多样性具有重要意义。因此开展莲基因组中的单核苷酸多态性和基因的选择性剪切的研究,不仅对于进一步完善莲基因组信息具有重要意义,也将极大的促进莲的分子育种以及莲的其他分子生物学方面的研究。
中国科学院植物种质创新与特色农业重点实验室水生植物基因组学与遗传育种(原资源植物繁殖生物学)学科组杨美副研究员在杨平仿研究员的指导下,利用该园获得的莲基因组及相关转录组数据,深入分析了4种亚洲莲的单核苷酸多态性和选择性剪切,相关研究结果已整理成文,在线发表在PLoS ONE上.
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四种亚洲莲SNP的数目及类型
A. 四种亚洲莲SNP分布的韦恩图;B. SNP数目在该研究(I)与前期研究(II)的比较;
C. 四种亚洲莲SNP类型比较